在实际工作中被测量的样品，通常其成分是由多种多样元素构成，除待测元素之外的元素通称为基体。因为被测量的样品中，其基体成分是变化的（这变化一是指元素的变化，二是指含量的变化），它直接影响待测元素特征X射线强度的测量。换句话说，被测元素含量同样，因为其基体成分不一样，测量到的被测元素特征X射线强度是不一样的，这就是基体效应。基体效应是X射线莹光定量分析的主要误差来源之一。

基体效应是个无法避免的客观事实，其物理实质是激发（吸收）和散射导致特征X射线强度的变化，除待测元素外，基体成分中挨近被测元素的元素对激发源的射线和被测元素特征X射线造成光电效应的机率比轻元素（在地质样品中一些普遍的主要造岩元素）的概率大很多，也就是说这些相邻元素对激发源发射点的X射线和被测元素的特征X射线的吸收系数比轻元素大很多；轻元素对激发源释放的射线和被测元素的特征X射线康普顿散射机率比重元素大很多。