在进行流式细胞仪多色分析时，如果想得到理想的分析结果，就需要选择好抗体的荧光搭配。常考虑的影响因素有以下几点：

1.荧光素的荧光强度：

一个特定抗体，能否区分阴性与阳性结果，靠的是抗体上结合的荧光素标记。每一种荧光素的光量子释放能力不同，相对荧光强度不一样，一般用染色指数（staining index）来比较不同荧光标记的光信号强度。染色指数是阳性信号和阴性信号差异与阴性峰分布宽度比值，是判断该荧光染料辨别弱阳性表达的能力。因此，对于特定的单克隆抗体，由于使用了不同的荧光素标记，其阴性细胞核阳性细胞的S/N比值（信噪比）可以相差4-6倍。一般来讲，荧光信号由强到弱的的排序是：PE>APC>PE-Cy5>PERCP-Cy5.5>FITC>PERCP。

2.荧光素标记效率：

抗体上标记荧光素的数量（F/P）值也会影响相对荧光强度。每一个抗体上可标记几个FITC或PERCP分子（通常为2-9个），而APC和PE的标记量约为每个抗体标记一个荧光分子。FITC为小分子化合物，而PE，PERCP和APC则是分子量较大的荧光蛋白。受荧光标记物的化学性质要求限制，IGM型抗体通常只用小分子的荧光素进行标记，如FITC、TEXAS RED、Cy3和Cy5。

3.抗原表达丰度：

高表达的抗原几乎可以用任何荧光素标记的抗体检测，而较低表达的抗原则需要用较高亮度的荧光素标记的抗体进行检测，从而达到有效区分阳性细胞群和阴性细胞的目的。

4.细胞自发荧光：

每个细胞群体都带有不同水平的自发荧光，由于细胞的自发荧光在高波长范围里（>600nm）迅速降低，所以在检测自发荧光水平高的细胞时，使用发射波长较长的荧光染料（比如APC）可以得到较好的检测结果。

5.非特异性结合

有些荧光标记的抗体会表现出低水平的非特异性结合，就会造成阴性细胞的荧光水平升高。

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