有源滤波器和谐波保护器是两种不同的电力设备，其主要区别如下：

1、功能不同：有源滤波器主要用于消除电力系统中的谐波和电力质量问题，通过主动补偿的方式实现谐波滤波和功率因数校正；而谐波保护器主要用于保护电力设备和电力系统免受谐波的损害，通过检测和隔离谐波电流来保护系统。

2、工作原理不同：有源滤波器通过控制器和功率放大器来监测电网中的谐波电流和电压，并通过逆变器产生与谐波相反的电流，从而实现谐波的消除；而谐波保护器通过电流传感器检测电网中的谐波电流，当谐波电流超过设定值时，触发保护器进行动作，切断谐波电流的传导。

3、适用范围不同：有源滤波器适用于大型电力系统和工业场所，能够消除谐波对设备和系统的影响，提高电力质量；而谐波保护器适用于对谐波敏感的设备和系统，如变压器、电动机等，能够保护这些设备免受谐波损害。

4、成本和复杂度不同：有源滤波器通常比较复杂，需要控制器、功率放大器等组件，成本较高；而谐波保护器相对简单，成本较低。

总的来说，有源滤波器主要用于消除谐波和改善电力质量，而谐波保护器主要用于保护设备免受谐波损害。