电磁流量计在使用中出现的故障一部分是一起兹省的元件问题，一部分是在安装时没有正确的按照要求来操作而引发的故障，常见的故障大致上可以分为两类：安装不到位，也就是说调试期故障；正常运行中出想的故障。
　　
　　调试期出现的故障已经排除，在以后出现同类故障的几率不是很大，期问题通常出现在安装方面。比如说将传感器安装在易积聚气体的管系最高点；或安装在自上而下的垂直管上，可能出现排空；或传感器后无背压，流体直接排入大气而形成测量管内非满管。
　　
　　从环境方面来考虑的话常主要是管道杂散电流干扰，空间强电磁波干扰，大型电机磁场干扰等。管道杂散电流干扰通常采取良好的单独接地保护就可获得满意结果，但如遇到强大的杂散电流（如电解车间管道，有时在两电极上感应的交流电势峰值Vpp可高达1V），尚需采取另外措施和流量传感器与管道绝缘等。空间电磁波干扰一般经信号电缆引入，通常采用单层或多层屏蔽予以保护。
　　
　　从流量方面来考虑介质中的正常均匀小液泡是不影响电磁流量计的正常工作的，但随着气泡的增大，仪表输出信号会出现波动，若气泡大到足以遮盖整个电极表面时，随着气泡流过电极会使电极回路瞬间断路而使输出信号出现更大的波动，若果是测量混合介质的话，在混合未均匀前就进入流量传感进行测量，也将使输出信号产生波动。
　　
　　至于正常运行中出现的故障通常是外部环境的变化引起的，在调试期因为环境的良好导致安装时的要求相对降低，但是工作需要而在流量计周围安装一些别的仪器从而产生干扰源，信号就会出现波动；还有就是在运行一段时间以后，介质附着在早传感器的内壁，导致导电率变大或者减小，这些都会为仪表的正常工作带来影响。
　　
　　此外，还有就是雷电，雷击容易在仪表线路中感应出高电压和浪涌电流，使仪表损坏。它主要通过电源线或励磁线圈或传感器与转换器之间的流量信号线等途径引入，尤其是从控制室电源线引入占绝大部分。