土壤中的微生物资源非常丰富,但用传统技术培养的微生物仅占微生物总数的0.01%~10%,且大部分微生物处于不可培养的状态,使相当多的菌种不能被充分地开发和利用。从土壤中提取的DNA,是微生物、动植物遗体等的总DNA。
由于土壤微生物成分复杂,常规提取总DNA的方法难以去除腐殖酸,而腐殖酸会抑制聚合酶链式反应(PCR)扩增中的TaqDNA聚合酶以及酶切反应的限制性内切酶活性。另外,土壤质地和成分的差异也会影响土壤微生物DNA的提取效果。因而,从土壤中提取DNA,腐殖物质等抑制因子的去除就成为了重中之重。
如何从土壤样本中提取纯化DNA?Norgen土壤DNA分离试剂盒为从土壤样本中检测微生物提供了一种方便、快速的方法。所有类型的土壤样品均可使用该工具包进行处理,包括普通土壤样品和腐殖酸含量高的难处理土壤样品,如堆肥和粪便。该试剂盒使用提供的OSR(有机物去除)溶液去除所有微量腐殖酸和PCR抑制剂。然后使用一种简单快速的旋转柱程序进一步纯化DNA。总基因组DNA可以从土壤中发现的各种微生物中分离和纯化,如细菌、真菌和藻类。纯化的DNA质量zui高,与下游PCR应用完全兼容,因为在分离过程中去除了所有腐殖酸物质和PCR抑制剂。
该土壤DNA分离试剂盒具有以下特点:
1.快速简便的土壤样品中微生物检测方法;
2.处理所有土壤类型,包括常见的土壤样品和腐植酸含量高的难处理的土壤样品,如堆肥和粪肥;
3.使用OSR(Organic Substance Removal)溶液去除有机物质;
4.从DNA样本中去除所有腐殖酸;
5.使用快速离心柱形式进行快速简便的处理;
6.从包括细菌、真菌和藻类在内的各种微生物中分离出高质量的总DNA;
7.纯化的DNA质量很高,完全兼容下游PCR应用,因为在分离过程中去除了腐殖酸物质和PCR抑制剂。
从表层土壤和粘土样品中分离出的DNA浓度比较。Norgen土壤DNA提取试剂盒和 Competitor M的试剂盒用于从250 mg表层土壤和粘土样品中分离 DNA。与竞品相比,Norgen试剂盒显示两种样品的DNA浓度更高。
土壤DNA提取试剂盒操作流程图
土壤DNA提取试剂盒(#64000)精彩文章鉴赏:
1.Bioremediation of high organic load lagoon sediments: compost addition and priming effects. Chemosphere. 2013.
2.Insertion/deletion-based approach for the detection of Escherichia coli O157:H7 in freshwater environments.Environmental Science & Technology.2014
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