这次的升级版新冠让我们更加意识到防疫的重要性。只要疫情没有完全控制住就不能松懈，除此之外，对于病毒的诊断也是至关重要的。那么病毒RNA的提取就显得十分关键。这里amyjet为大家整理了8种常见的核酸纯化方法，重点是病毒RNA的分离。

1、过滤

膜过滤是一种物理分离技术，根据膜的性质（例如，孔隙率）和液体含量（例如，粒度），液体的内含物通过或被膜排除。通过选择具有适当孔径的膜，可以过滤液体病毒样本以排除细胞和其他大型非病毒污染物。

2、核酸酶处理

衣壳和包膜为病毒基因组提供了额外的保护层，防止核酸酶降解。DNAse和RNAse通常用于消除外源核酸，同时受保护的病毒基因组保持完整。

3、沉淀

储存或下游应用（如感染和病毒基因组分离）通常需要浓缩的病毒制备物。已经开发出沉淀方法，以根据在无机盐或聚醚化合物（例如硫酸铵、PEG-6000）溶液中的溶解度，快速、轻松且廉价地浓缩病毒并去除杂质。例如，据报道，在40%的饱和度水平下，硫酸铵会从补充有 10% FCS 的细胞培养基中诱导病毒沉淀，其中大部分(85%) 的蛋白质保持溶解状态。

4、柱层析

有多种色谱树脂（例如，蛋白A、阴离子交换、阳离子交换）可用，取决于色谱操作参数（例如，树脂类型；缓冲液组成和 pH值等），可用于将病毒与宿主分离核酸、蛋白质等。然而，这些方法需要昂贵的仪器、复杂的协议、专业的技术知识和训练有素的操作人员。

5、VIDISCA

基于cDNA扩增限制性片段长度多态性技术的病毒发现方法，或简称VIDISCA，允许优先扩增病毒核酸。血浆/血清和培养物上清输入样品已使用该方法成功测试。在典型的VIDISCA 方案中，病毒核酸首先通过离心和DNase处理选择性富集，以消除细胞、线粒体及其相关的遗传内容。然后提取封装的病毒基因组。对于冠状病毒等单链RNA病毒，需要使用随机六聚体引物进行逆转录步骤，然后是互补DNA的第二链合成。得到的双链DNA (dsDNA) 通过苯酚抽提和乙醇沉淀进行纯化。纯化的dsDNA随后用限制酶处理，这些酶消化几乎所有病毒中存在的短识别序列。

大约80%的细胞总 RNA 是核糖体(rRNA)，宿主来源的RNA构成了人类血浆样本中的大部分 RNA。因此，对VIDISCA协议进行了修改，加入了选择性rRNA消耗，以提高检测灵敏度和特异性。rRNA逆转录阻断寡核苷酸以及不能与rRNA退火的非随机六聚体的使用已被证明可以抑制非病毒cDNA合成并减少背景扩增。

6、用rRNA特异性DNA“剪刀探针”

选择性去除rRNA核糖体RNA污染也可以用rRNA杂交寡核苷酸探针和伴随的核酸酶介导的杂交消化。这些合成探针旨在补充特定的rRNA序列。RNase H处理导致rRNA/DNA双链体中rRNA的靶向切割，而DNase I用于去除残留探针。然后可以对去除了rRNA 的样品进行下游纯化。在适当的反应条件下，rRNA被特异性切割，同时保留了非杂交RNA 的完整性。

7、使用体外细胞培养物扩增病毒

鉴于病毒通常产生的滴度低，体外细胞培养物用于将病毒粒子扩增至分析相关的量。接种的 Vero和HEK293T细胞已有效用于病毒扩增目的。该方法包括在接种后24小时更换培养基，然后在另一个24小时孵育后从上清液中收集受感染细胞释放的病毒粒子。

8、商业病毒 RNA 提取试剂盒

基于柱和磁珠的方法为从临床标本中提取病毒 RNA 基因组提供了一种快速方便的方法。Epigentek提供各种用于分离RNA的磁珠和离心柱试剂盒来自不同样本来源（细胞、组织、全血、唾液、鼻咽拭子）和物种（病毒、哺乳动物、细菌、真菌、植物）。去污剂和离液盐用于裂解细胞和灭活 RNase。当污染物通过时，专门的高盐缓冲系统允许RNA碱基与磁珠或离心柱的玻璃纤维基质结合。杂质被有效地洗掉，纯核酸用水性缓冲液洗脱，无需苯酚提取或醇沉。这些试剂盒是下游PCR分析的理想选择；靶向病毒基因组的引物可与扩增宿主 DNA RNase P 基因的引物结合使用，该基因也与柱/珠结合并用作内部或提取控制。

zui后我们来说一下艾美捷病毒RNA提取用到的相关科研工具：

1.P-9107 EpiQuik 病毒 RNA 分离快速试剂盒：只需 10 分钟即可快速纯化病毒 RNA

2.P-9108 EpiMag 病毒 RNA 分离试剂盒（磁珠）：通过磁珠形式在 25 分钟内快速分离病毒 RNA。

3.P-9109 EpiMag 96 孔病毒 RNA 提取试剂盒（高通量）：通过磁珠形式在 30 分钟内高通量分离病毒 RNA，适用于自动化设置。

EpiQuik 病毒 RNA 分离快速试剂盒结果分析：

当然，当上述方法单独进行不足以充分纯化病毒时，方法组合是一个不错的选择。专注于病毒表观基因组的研究需要高纯度的输入材料，不受宿主 DNA、RNA 或蛋白质的表观遗传修饰的干扰。上述方法的组合可以提高病毒回收率、产量和质量。举例来说，可以扩增低滴度 RNA 病毒，然后从接种的细胞培养物的上清液中回收。在核酸酶处理和离心去除宿主污染物之后，可以使用商业分离试剂盒提取病毒基因组，用于下游m6A RNA 甲基化分析。