WinCE的发展经历了WinCE2.X、WinCE3.0、WinCE4.X、WinCE5.0和WinCE6.0。其中，WinCE3.0和WinCE.net 4.2是嵌入式系统的重要里程碑。
开发工具的版本号是与Windows CE的版本号对应的，比如EVC3.0和EVB3.0是用来开发基于Windows CE 3.0平台的应用程序的，而EVC4.0是用来开发Windows CE.NET平台的程序的。
在WinCE 3.0及以前版本，应用程序也可以用eMbedded Visual Basic和eMbedded Visual C++来开发，但从WinCE.NET 4.0开始，微软就不再升级eVB，将其移植到了Visual Studio.NET，而从VS2005开始，微软又彻底抛弃了eMbedded Visual C ++，将eVC和PB的功能全部集成到VS2005，不管是本地的应用程序还是托管的应用程序，都可以在VS2005环境下进行。
目前，HMITECH-b系列产品主要采用WinCE4.2版本，HMITECH H系列主要采用WinCE5.0版本。