由于外部模拟量设备原因导致控制器的EGND和AGND导通，这会有什么问题吗？

一般不会有问题，但是如果这样的话就相当于没有隔离了。在我们的控制器中，绝大部分AGND和内部的GND是连在一起的，只是为了凸显他是给模拟量用的参考，所以标注成AGND。所以AGND和EGND导通就相当于GND和EGND导通。