RTSys提供了调试工具用于追踪程序运行及各任务状态，同时支持实时全局监控变量的数值变化（自定义全局变量也可以添加到监控中，将变量名复制填入“监视”窗口即可）。断点则是辅助程序调试的工具，可对怀疑问题的程序行前设置断点，再采用快速调试工具对单行单步进行运行调试。
紧急停止则用于紧急情况下立即停止程序运行和所有轴的运动。
进入调试时，RTSys提供了4种下载方式：
选择进入调试的方式后，即可打开任务与监视窗口。
1）任务窗口：用于查看任务的运行状态，任务所在的文件和任务运行行号。2）监视窗口：监视项目中的变量，可以把全局变量和文件模块变量等有效表达式，局部变量不支持，程序运行时自动获取参数值显示出来。也可以在调试状态下，在程序编辑区域选择变量后点击右键“增加到监视”加入到监视内容，或通过双击监视内容名称来修改或增加监视项。进入调试后可使用快速调试工具进行调试，工具栏介绍如下表：
当程序与控制器不一致或是对程序进行再修改后没有及时下载，会导致调试指定的行号产生偏移。程序暂停时当前已经进入缓冲区的运动并不会暂停。▶▶▶ 故障诊断
快速查看控制器状态及故障的详细信息。支持查看控制器型号、日期、版本号、任务运行状态以及错误信息提示，方便客户现场查看故障以及程序停在哪里。其中：Run灯、Alm灯也可以手动开关，便于在众多控制器里快速找到当前连接的控制器。
▶▶▶ 总线故障诊断
查看控制器当前支持的总线（EtherCAT或RTEX），总线上连接的所有节点的设备信息。打印信息含义参见?*ETHERCAT指令帮助。另外在“更多信息”中还支持已连接设备的丢包检测。
