反渗透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面结垢，膜面堵塞;或是膜本身的物理化学变化而引起的。而反渗透设备膜元件污染堵塞的主要原因，是由膜面沉积和微生物的滋长而引起的，还对纤维素有侵蚀损害作用。反渗透膜的物理变化，主要是压实效应引起膜的透水率下降;化学变化主要是由pH值的波动而引起的;游离氯也会使芳香聚酰胺膜性能恶化。

　　因此，反渗透设备膜内要保持余氯量，但是余氯太高，又会引起膜性能下降，故在纤素膜前保持余氯0.1-0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。反渗透膜的清洗处理是一个细致而又烦杂的工作，目前国产膜的质量还不够高，多次清洗膜易损坏。为了减轻清洗工作，必须要搞好前处理，严格把好水质关，否则，“后患无穷”。

处理的方法是：定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L质量浓度的新洁尔灭循环清洗处理至少1h。已经污染的膜要用2%柠檬酸铵溶液(pH=4-8)进行清洗，或用亚硫酸氢钠、六偏磷酸钠、稀盐酸等来防止锰、铁及碳酸盐的结垢。有时也用酶洗涤剂对有机物进行清洗。清洗压力控制在0.34-0.98MPa(3.5-10kgf/cm2)，清洗流速为原来水处理流速的2-3倍。